百日咳潜伏期5-21天，一般7-14天，在卡他期首先表现为上呼吸道感染的症状，可有低热、流涕、轻微咳嗽，还可以出现眼结膜充血。
进入痉咳期，咳嗽是阵发性、成串，连续数10声以上，咳嗽时出现面红耳赤、双眼圆睁，同时发出鸡啼样的吸气性喉鸣，咳嗽时宝宝会出现口唇发绀、面色发红，严重的会出现鼻衄、咯血的症状，这个时期要2-4周或更久。恢复期会出现咳嗽次数减少，但是遇到刺激性的气味还会出现咳嗽呈阵发性，如果严重的合并有肺炎或者百日咳脑病，病情会更加严重。