牙周病的致病因子是牙周袋内的牙菌斑，细菌产生毒素，刺激牙龈引起宿主的免疫反应，从而引起牙周炎。因此牙周病的治疗方法就是彻底清除掉牙菌、牙石、软垢和食物残渣，牙周炎症就会自然的消失，主要方法有以下几种：
第一、超声洁治术，是采用超声产生的高频机械震荡，打碎牙石和牙菌斑并将其冲刷干净。
第二、牙周刮治和根面平整术，对于牙周袋比较深的患者通常需要牙周刮治术祛除深部的牙菌斑和牙石。
第三、牙龈翻瓣术，牙周破坏严重的，通常需要牙周翻瓣术，将牙龈瓣翻开，在直视下祛除掉根分叉或者复杂部位的牙石和牙菌斑，有的患者还需要进行骨引导再生术恢复吸收的牙槽骨。