附睾炎是很难自己治愈，一般都需要积极治疗。使用敏感抗生素，通常静脉给药1-2周以后，再口服抗生素2-4周进行巩固，以防止转变为慢性附睾炎，常用的抗生素有头孢菌素、喹诺酮类、阿奇霉素类，以及四环素类等。附睾炎主要的致病菌有大肠杆菌、变形杆菌、葡萄球菌、肠球菌，以及铜绿假单胞菌、支原体、衣原体等。
感染途径常见的是输精管道逆行感染，以及血行感染、淋巴蔓延、损伤、医源性的导尿，或者器械、药物都有可能导致附睾炎。控制不好有可能转变为慢性附睾炎，或者附睾睾丸炎，从而对生育造成威胁，所以附睾炎应该积极治疗，而不要拖延，自己愈合的可能性极小，如果治疗不及时，双侧附睾炎很可能会导致不育症。