霉菌性阴道炎感染的病原菌是假丝酵母菌，所以治疗方法是以抗真菌药为主，而碘伏是一种消毒杀菌剂，可以用来清洗外阴、阴道，将分泌物清理出来，给予消毒作用，不能作为霉菌性阴道炎的主要治疗方法。对于单纯性的霉菌阴道炎，经过药物治疗以后症状可以得到缓解，治愈率可以达到80%-90%，而单纯的使用碘伏不能治疗霉菌性阴道炎。
霉菌性阴道炎的治疗主要是消除诱因，选择局部或者全身应用抗真菌药物，包括咪康唑栓、克霉唑栓、制霉菌素阴道栓，全身用药包括氟康唑和伊曲康唑等。在进行局部用药之前，患者可以用稀释的碘伏清洗外阴和阴道，将阴道内的分泌物清理出，给予抗真菌的药物栓剂进行阴道填塞，可以有效提高药物的效果，从而达到治疗霉菌性阴道炎的作用。