小三阳最好的治疗办法是抗病毒治疗，目前对于乙肝五项指标是小三阳，HBV-DNA＞10^4copies/ml，转氨酶大于正常值上限两倍以上的患者需要抗病毒治疗。一般首选的药物是恩替卡韦或替诺福韦，疗程需要四年以上。
对于一部分乙肝是急性乙肝，如果是乙肝小三阳，不需要抗病毒治疗，因为成人的急性乙肝95%以上是可以自愈的，不需要特殊用药，只需要定期复查肝功能、乙肝五项指标定量和HBV-DNA即可。如果半年以上乙肝小三阳没有产生乙肝表面抗体，就为慢性乙肝。