引起胆管结石的原因多种多样，其中胆道感染和胆汁淤积是胆管结石形成的基本条件。当胆道感染时胆管内存在大量的细菌，会分泌很多黏液和酶，导致胆汁中的胆红素过饱和，吸收结晶，逐步形成了结石。
如果患者有胆管梗阻、胆管狭窄、胆管内的异物，比如蛔虫卵，会导致胆汁淤积，不容易排出，又加速了胆管结石的发生，胆道感染和胆汁淤积对于胆管结石的形成是相辅相成的。
胆囊结石的发病率极高，胆囊结石容易通过胆囊管掉入胆总管，形成了胆总管结石，也是胆管结石的主要病因之一。某些地域因素也是胆结石的发病原因之一，在我国西南、华南、长江流域和东南沿海，存在着大量肝内胆管结石的患者，其原因可能与这些地域的水质以及饮食习惯相关。