载脂蛋白A1偏低的原因主要有两大类：
一、是属于生理性的因素。
二、是属于病理方面的因素。
生理性因素方面，比如剧烈运动情况下会出现蛋白质分解、蛋白质下降、载脂蛋白A1偏低。服用某些特定的药物，比如促黄体生成素或者甲状腺素、门冬酰胺酶等，也可以导致载脂蛋白A1的偏低，生理性因素不需要处理，注意改善生活习惯，定期监测就可以。
由于载脂蛋白A1主要是在肝脏内合成的，病理因素方面当肝脏出现病变或者肝功能不全时，会导致载脂蛋白A1水平的下降，比如病毒性肝炎、肝硬化、肝癌、酒精肝、药物性肝损害等，因此需要积极治疗。