肾囊肿是否会引起疼痛的症状，与囊肿的大小、性质、位置，囊肿是否引起肾积水，是否合并感染或者是出血等因素有关。对于大多数的肾囊肿患者，通常没有明显的临床症状，一般是通过超声或者是CT检查发现。
当肾囊肿的体积比较大的时候，有些患者会出现腰部酸胀、钝痛的症状。如果是肾下极的囊肿，压迫输尿管，引起肾积水，会出现腰部疼痛的症状。如果是积水或者是囊肿合并感染，还会出现发热、寒战、全身不适以及腰部疼痛的症状。