试管婴儿取卵时有轻微的疼痛，一般都可以耐受，除非对于疼痛特别敏感的女性，或双侧卵巢的位置比较特殊，在取卵时取卵针需要穿过宫颈或宫体时，疼痛会比较明显。对于疼痛比较敏感或者是双侧卵巢位置比较远，或提前估计到取卵时会穿过宫颈或者宫体，可以选择在麻醉下来进行取卵的手术。
取卵手术会使用特制的取卵针，取卵针的头很细，且是一个斜切面，通过很细的取卵针，从阴道后穹窿进行穿刺，穿刺后取卵针进入盆腔。在B超的引导下找到卵巢，把长大的卵泡里的卵泡液通过负压吸出来，然后交给实验室，就可以取到其中的卵子。试管婴儿取卵时基本不疼，做试管婴儿的女性也不用过于担心，也可以在麻醉下来进行取卵。