巧克力囊肿腹腔镜手术后有以下注意事项：
一、注意适当休息，多吃含蛋白质丰富的食物，如肉类、鱼、虾等，有利于刀口愈合。
二、女性在手术后要注意给予止血和抗感染的药物进行治疗，防止刀口感染。
三、防止复发，在腹腔镜手术的过程中容易出现囊肿剥除时破裂，使囊肿内的液体，即异位的子宫内膜细胞，在盆腔内种植，导致其他部位内膜异位症的情况发生。手术后女性有怀孕的意愿，应尽早给予妊娠，没有怀孕的意愿可以给予亮丙瑞林等皮下注射3-6个月经周期，可以有效的清除残留的子宫内膜异位细胞。
四、手术后需要隔3-6个月，做一次妇科B超检查。