附睾炎的发病原因大多数为细菌感染所致，最常见的细菌是引起尿路感染的大肠埃希菌，其他还有金黄色葡萄球菌和链球菌，特别是见于最近接受过器械检查，或留置尿管的患者，以及泌尿系统解剖学或功能性异常的患者。
此外，对于年轻患者，淋球菌和沙眼衣原体也是可能引起急性附睾炎的重要致病因素，感染因子可以通过输精管、血管、淋巴管或者直接通过周围组织的损伤到达附睾和睾丸，引起炎症。
主要的感染途径是局部炎症扩散，大多来源于尿道或膀胱感染，血液感染途径比较少见，通过输精管道获得的感染易引起附睾炎，而通过血行感染可导致睾丸炎。