盐酸氨基葡萄糖胶囊和硫酸氨基葡萄糖胶囊的区别在于与氨基葡萄糖结合的酸根不同，其实体内真正对关节起作用的是氨基葡萄糖，但是氨基葡萄糖必须和酸形成盐后才能制成一个药，因此与盐酸成盐就制成了盐酸氨基葡萄糖胶囊，与硫酸成盐就制成了硫酸氨基葡萄糖胶囊。
这两个药物在治疗骨关节炎方面的有效性和安全性评价研究显示，这两个药在缓解膝关节疼痛、减轻肿胀以及改善关节活动方面是相似的，总有效率相似，疗效、安全性相当，不良反应都比较轻微，病人的耐受性都很好。药理学研究显示，这两个药的生物利用度以及平均血浆峰浓度都没有统计学差异，注意这两个药均为处方药，都需要在医生的指导下合理使用。