肝内胆管结石怎么治疗主要取决于结石的大小、数量以及合并症状，如果仅是少量的肝内结石，也没有引起任何的症状及器官的改变，观察即可，定期复查。
但如果合并出现了胆道的感染，患者出现了畏冷、寒战、发热、黄疸等等的症状，就需要进行消炎、解痉、对症处理，如果严重的情况下还需要进一步手术治疗。
如果合并出现了胆汁性的肝硬化，就要针对肝硬化进行保肝治疗，而且肝内胆管结石也必须积极的处理，以减缓胆汁性肝硬化的进展。如果合并出现了胆管癌，这个时候就要积极进行以手术为主的综合治疗，来延缓患者的生存时间。