做肠镜检查相对比较安全，但有一定的风险。肠镜检查时有可能会引起肠出血，肠壁比较薄的患者还有可能出现肠穿孔，心肺功能比较差的患者还有麻醉风险。
肠镜检查前要充分的准备肠道清洁工作，使肠镜检查时视野清晰、缩短操作时间、减少风险系数。非无痛肠镜检查，在检查的过程中会有腹部不适感，因为在检查时要做充气检查或者注射生理盐水，通过肠管扩张和注射生理盐水后才能看清是否存在病变，患者常常有疼痛感。检查前要先给予讲解，检查之间要给予安抚情绪、减轻患者的紧张，若对疼痛比较敏感的患者，建议进行无痛肠镜检查。