百日咳是一种由百日咳杆菌感染引起的急性呼吸道传染病，因病程可迁延数月，所以称为百日咳。百日咳的治疗分为一般治疗和药物治疗，具体如下：
第一、一般治疗主要是按呼吸道传染病对患者进行隔离，通常隔离至有效抗生素治疗五天后。在饮食、起居方面，要保持室内安静、空气流通、温度适当，鼓励进食营养丰富、易消化的食物，并可以补充各种维生素。
第二、对症处理就是进行强烈咳嗽的时候，可以给予镇咳药，痰液黏稠可以给予化痰的药，甚至雾化吸入。针对百日咳的药物治疗，主要是首选大环内酯类抗生素，如红霉素、阿奇霉素或克拉霉素，卡他期使用能减轻甚至不发生痉咳。进入痉咳期后，应用抗生素则不能缩短百日咳的临床过程，但可以缩短排菌期及预防继发感染。还可以应用中医的治疗，中医治疗可以改善症状，缩短病程。