霉菌性角膜炎的治疗关键在于抗真菌治疗，常用的治疗方法包括：
一、局部使用抗真菌药物治疗，常用的抗真菌药物包括0.25%的两性霉素B眼药水、5%的那他霉素滴眼液、0.5%的咪康唑眼药水等。其中0.15%的两性霉素B和5%的那他霉素眼药水，是抗真菌性角膜炎的一线药物。
二、患者晚上还可以涂抗真菌眼膏。
三、情况比较严重的患者，可以联合使用全身抗真菌药物，例如口服氟康唑、伊曲康唑等。