磷酸哌嗪宝塔糖属于非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用比较安全。磷酸哌嗪宝塔糖上市后的不良反应报告显示，患者大都耐受性良好，不良反应较少。偶见患者出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头痛、感觉异常、荨麻疹等不良反应，停药后症状很快会消失。
极少数过敏者可能会发生流泪、流涕、咳嗽、眩晕、嗜睡、哮喘等症状。如果症状严重者，请去医院就诊，对此药过敏者禁用。偶见患者出现病毒性肝炎样表现、瞳孔缩小、调节障碍、麻痹性斜视等严重不良反应，此时必须立即去医院就医。肝肾功能不全、有神经系统疾患或者癫痫患者禁用，注意此药对人体具有神经肌肉毒性，应避免长期或者过量使用。