牙疼有很多种原因，引起每种原因的细菌也不同，常见的如下：
第一、龋病，常见的致龋微生物，包括链球菌、乳杆菌属、放线菌属。链球菌属，多属于革兰氏阳性兼性厌氧菌，包括血链球菌、变形链球菌、轻链球菌。乳杆菌是革兰氏阳性兼性厌球菌，或者是专性厌氧杆菌。放线菌属是一种革兰氏阳性、不具动力、无芽胞形成的微生物，呈杆状或者是丝状。
第二、引起牙髓炎症的主要是兼性厌氧球菌和厌氧杆菌，如链球菌、放线菌、乳杆菌和革兰氏阴性杆菌，有的还包括一些真菌。在感染的根管当中，优势菌为卟啉单胞菌、普氏菌、梭形杆菌、消化链球菌、放线菌、真杆菌、韦荣球菌。