应用抗结核药物出现肝功能异常时，可以配合保肝药物治疗，若肝功能损伤严重，应该停用抗结核药。目前抗结核药物主要是异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等，上述药物普遍副反应为对胃肠道的刺激，以及白细胞下降、过敏反应和肝脏损伤。
当症状轻微时，可以不需要特殊治疗，但如果肝脏受到损伤，需要保肝治疗，严重肝脏损伤还需要停用抗结核药物。抗结核治疗时间长，非活动性肺结核抗结核治疗至少6-9个月。随着时间延长，副作用出现几率也会增加，在治疗当中应该定期检查肝功。