新生儿拉稀的原因，主要也是分为两个大的方向：
第一、孩子可能会有一些感染，引起腹泻，从感染来说，比较常见的就是细菌性感染，也有可能是因为病毒感染引起孩子腹泻。需要通过检查大便常规，帮助明确引起孩子腹泻的病原，如果确认孩子由细菌感染，需要给他使用一些相应的抗生素，帮助抗感染治疗。如果孩子是因为一些病毒感染引起的腹泻的话，就不需要做相应的抗病毒或者抗感染治疗了，只需要对症的止泻治疗就可以。
第二、对于新生儿腹泻来说，引起腹泻的诱因更常见的是食物过敏或者是乳糖不耐受等等，也就是一些非感染性的因素，另外，受凉等也可能引起孩子拉稀。所以，当发现孩子有食物过敏，比如牛奶蛋白过敏或者对妈妈食用的某些饮食种类不能耐受，都可能会出现腹泻。很多孩子可能在吃母乳的时候，因为母乳里的乳糖含量比较高，孩子自身的乳糖酶缺乏，可能会出现乳糖不耐受的表现，这个时候孩子往往都会有比较明显的腹泻。
当明确诱因之后，主要就是针对引起腹泻的诱因作处理，比如可以换用低敏的奶粉，或者让妈妈注意自己饮食的忌口，或者换有免乳糖奶粉等特殊奶品，或者给孩子添加乳糖酶等等，都有助于缓解新生儿腹泻。除此之外，也可以给他使用像蒙脱石散这一类的胃肠黏膜保护剂，或者使用益生菌等等，帮助孩子缓解腹泻的症状就可以了。