男性出现沙眼衣原体阳性时需规范的治疗，可以选择阿奇霉素分散片，口服一周，第二周再口服甲砜霉素，甲砜霉素对沙眼衣原体有明显的治疗效果。第三周可以口服红霉素肠溶片治疗，红霉素肠溶片对多种沙眼衣原体阳性有明显的治疗效果。
第四周可以口服克拉霉素治疗，克拉霉素对沙眼衣原体感染有明显的治疗效果，同时可以口服癃清片治疗，癃清片可以起到通淋、祛湿的作用，对沙眼衣原体引起的尿道炎有明显的疗效。