健脑补肾丸属于补益类中成药，临床实践证实，如果按照说明书推荐的用法、用量来辨证合理使用，此药比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少，偶见服药后出现恶心、呕吐、腹部不适等胃肠道反应。出现此类反应的患者可以饭后服用，这样会减少胃肠道不良反应的发生率。极少数患者可能会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。
健脑补肾丸属于非处方药，擅自超说明书用药会增加不良反应发生的频率和程度，给身体造成伤害。注意此药含有红参，不宜同时服用藜芦、五灵脂、皂荚或其制剂，不宜喝茶、吃萝卜，以免影响药效。如正在使用其他药物，为防止药物相互作用而影响治疗，请使用前咨询专业人士。