扁桃体结石的形成大多是由于进食时食物残渣进入了扁桃体的陷窝内，尤其是扁桃体的上隐窝最容易存留。
这些食物残渣存留在陷窝内以后就会产生细菌繁殖、分泌物潴留、钙盐沉着，最后形成硬块状结构，堵塞在扁桃体的陷窝内称为扁桃体结石，每个扁桃体都由淋巴组织构成，有很多的淋巴滤泡。
在扁桃体的表面，黏膜向淋巴组织内部凹入，形成盲管状结构，也就是隐窝，存留食物残渣之后堵塞了分泌物的排出，并且容易导致细菌繁殖，从而形成扁桃体结石。