巧克力囊肿也有许多的治疗方法，有保守的治疗，例如用药物的治疗，或者是宫内放置一个药物性节育器来控制巧克力囊肿的增长。另外，手术的治疗，行巧克力囊肿的切除术。
这些治疗方法对于一个生育期的女性往往都不能够完全根治，有的时候会复发，所以现在采取的治疗方法，不管是药物治疗或者是放置宫内节育器，都是来控制巧克力囊肿的继续增长。只有当绝经以后，不来月经了，巧克力囊肿才能够慢慢的萎缩。