男性结扎对身体的不良影响，主要是出于并发症，比如出血和血肿、伤口感染，愈合后形成痛性结节、附睾淤积症、性功能障碍、精索疼痛、睾丸缩小、提睾肌痉挛、神经官能症，以及腰腿痛等，总体发生率在2%左右，发生率也与医生经验有关。至于远期的影响，如果结扎术时间久，有部分患者睾丸会发生间质纤维化，附睾和输精管出现精子肉芽肿压迫，可形成进行性的附睾梗阻。
另外输精管结扎后，大约有50%以上的人可以在血清中测出抗精子抗体，假如因为各种原因需要恢复生育，牵扯到输精管的再通和复通问题，而再通和复通成功率并非100%。不过总体来讲，男性的绝育术也就是结扎术，还是一种安全、有效、简便、经济，以及相对一劳永逸的生理调节方法。总体来讲是利大于弊，只要严格按照操作规范手术，并发症较少。