艾滋病转阴不能证明是HIV病毒在体内已经彻底清除，目前在全世界范围之内还缺乏根治HIV病毒感染的药物，艾滋病转阴只能说明病毒复制已经得到了控制，但不能代表完全治愈，若停用抗病毒药，病毒还会反弹。艾滋病转阴是指HIV核酸检测时HIV-RNA转阴，而不是艾滋病的特异性抗体转阴。
HIV病毒进入人体之后，会刺激机体产生相对应的特异性抗体，此种抗体产生之后会持续存在，抗体即使通过治疗，也不会阴转。因此，在进行艾滋病初筛时，会进行HIV退行抗体检测，而不会做HIV-RNA检测。因为HIV病毒复制也可能会出现间歇性复制，若通过HIV抗体确诊了HIV病毒感染，就应该进行HIV核酸检测，并且应该尽早应用抗病毒药物。HIV核酸检测可以评估患者体内的病毒载量，进而评估病情的严重程度，判断治疗效果，主要是为了监测抗病毒治疗的效果。