扁桃体发炎首选抗生素为青霉素类，如阿莫西林。具体给药途径要根据患者病变程度以及全身情况，是口服给药还是静脉给药。如果患者的全身免疫力比较好，症状不是很重，口服阿莫西林，一般用药2-3天会有效改善扁桃体发炎症状。而如果患者全身情况较差，免疫力较低，可以考虑静脉应用阿莫西林，一般用药2-3天上述症状也能得到很好缓解。
如果用药2-3天，扁桃体发炎症状不能很好控制，同时患者伴有明显高热，一定要留取局部分泌物送细菌培养及鉴定，根据培养结果来选用敏感的抗生素，同时可以考虑口服解热镇痛类药物，如布洛芬等。如果患者局部疼痛以及全身症状较明显，可以考虑应用甲泼尼龙或者甲强龙(注射用甲泼尼龙琥珀酸钠)等激素类药物以达到治疗目的，还可以口服清热解毒药物，如蒲地蓝或者蓝芩口服液，复方硼砂口服液漱口，也能有效改善局部疼痛的症状。