头孢克肟和头孢克洛都属于口服头孢菌素，头孢克洛为第二代口服头孢菌素，主要通过抑制细菌细胞壁的合成，起到杀菌作用，对大部分的革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌都有杀灭的作用。
头孢克肟属于第三代口服头孢菌素类抗生素，头孢克肟对革兰阳性杆菌产生的β-内酰胺酶高度稳定，对革兰阴性杆菌的抗菌作用强于第二代头孢菌素，也就是头孢克洛，但对革兰阳性球菌的抗菌作用不如第二代头孢菌素。头孢克洛临床上更常用于敏感菌所致的急性咽炎、气管炎、肺炎等呼吸道感染，而头孢克肟在临床上广泛应用于肺炎、尿路感染、腹泻等其他系统的感染。