乙脑主要通过蚊虫叮咬传播，包括库蚊、伊蚊和按蚊的某些种类都能传播本病，而三代库蚊是主要的传播媒介。三代库蚊在我国分布广泛，是最重要的蚊种之一，对人畜危害大。近年来，我国北方及云南先后从三代库蚊中分离到数十株乙脑病毒，是带病毒率最高的蚊种。在家禽的圈里这种蚊最多，当其叮咬感染乙脑病毒的动物，尤其是猪，病毒进入蚊体内并迅速生长、繁殖，然后移行至唾液腺，并在唾液腺中保持较高浓度，经叮咬将乙脑病毒传染给人和动物。
由于蚊可以携带病毒越冬，并可经卵传代，所以蚊不仅成为传播媒介，也是长期的储存宿主。此外，被感染的候鸟、蝙蝠也是乙脑病毒的越冬宿主。人对乙脑病毒普遍易感，感染后多数呈隐性感染，显性与隐性感染的比率为1:300，感染后可以获得持久的免疫力。病例主要集中在十岁以下的儿童，以2-6岁发病率最高。