肝功能异常首先要明确病因，一般肝功能异常分生理性原因和病理性的原因。生理性原因如熬夜、饮酒、生活不规律、暴饮暴食，这些情况一般不需要特殊治疗，只需停止诱发因素，肝功能异常自然就会慢慢好转。病理性因素涉及的疾病很多，包括内科性和外科性的原因，最常见的包括病毒性肝炎、各种类型的肝硬化、脂肪肝、酒精肝、自身免疫性肝病。
这些病因多需要抗病毒、保肝、停止诱发因素以及抗免疫治疗，肝功能好转相对较慢，需要注意有逐渐发展的趋势。对于外科性疾病引起的肝功能异常，包括肝胆管结石、肝脏良恶性占位性病变、胆道梗阻，需要通过外科手术或微创介入治疗，解除梗阻，去除病变，肝功能异常才能得以纠正。所以，要针对不同的病因，采取不同的治疗。