疱疹病毒感染之后一般很难根除，即使应用了抗病毒药物治疗，患者的临床症状、体征、实验室检查可以恢复到正常，但病毒一般情况下不会根除，而是长期潜伏。有些病毒潜伏在淋巴细胞内，比如EB病毒、巨细胞病毒，也有些病毒潜伏在神经根或者神经节，比如单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒，将来免疫功能低下时这些病毒可以再次被激活引起感染，比如儿童时期感染了水痘病毒，成年人如果免疫功能低下，再次被激活时，可以引起带状疱疹。
另外，EB病毒、巨细胞病毒在免疫功能低下的人群身上被激活之后，可以引起慢性活动性EB病毒感染，也可以引起巨细胞病毒感染。艾滋病病毒本身感染之后，可以导致严重的免疫功能低下，继发感染各类的疱疹类病毒，表现为局部感染，也可以表现为全身各个系统受累。此外，对于长期应用免疫制剂、进行过器官移植或者放化疗的患者，免疫功能低下都有可能会激活疱疹类病毒而引起感染。