克罗恩病的临床表现可以分为全身表现、消化道表现以及消化道外表现。全身表现最常见的有发烧、贫血、消瘦、乏力、水肿等，消化道表现主要是腹痛、腹泻，可以有腹部包块以及大便带血，部分人还会有肛瘘表现。
胃肠外表现可以见于以下类型：
皮肤损害可以见结节性红斑；眼睛损害可出现虹膜睫状体炎、角膜炎、角膜溃疡等等；口腔损害可见于口疮样溃疡；骨关节损害见于脊柱炎、外周关节炎、骨质疏松等等。
肝胆损害可以出现肝脏肿大、肝功能异常以及胆管周围炎等；还有血管栓塞性疾病、泌尿系统疾病，比如肾结石、肾周脓肿等。