尿道口有小肉疙瘩，常见原因如下：
1、炎症感染：刺激局部皮肤导致出现小肉疙瘩，对于这种情况，通过有效的抗感染治疗以后，尿道炎改善了，患者的小肉疙瘩也自然消失了。
2、病毒感染：像HPV病毒感染以后，导致出现尖锐湿疣，也会表现为尿道口有小肉疙瘩。对于这种情况，需要进行HPV的检测，如果提示是阳性，需要进行激光或者是冷冻治疗，来改善患者的症状。
尿道口有小疙瘩的时候，需要及时到医院去进行检测，进行尿常规以及血液的检查来明确性质，根据检查结果及时进行针对性治疗，防止延误病情，导致病情持续的加重。