畸胎瘤手术的方法，畸胎瘤目前认为是由原始的生殖细胞发育形成，所以在肿瘤内结构比较复杂，经常可以看到毛发、骨骼、牙齿、头皮、稀薄或黏稠的囊液等等。畸胎瘤可以长在身体的各处，更常见的是在卵巢，卵巢畸胎瘤约占卵巢肿瘤的10%-20%，由于将近95%的畸胎瘤是良性病变，所以目前多采取做肿瘤的剥除术而保留正常的卵巢。
目前比较常用的方法是通过腹腔镜，在腹壁上打3-4个直径1cm或5mm的小洞，然后置入腹腔镜以及相应的手术器械，从卵巢上完整的剥除畸胎瘤，然后将其放在取物袋中，将袋口提到腹腔外，再将肿瘤捣碎分块取出。手术中一定要对取出来的组织做快速的病理检查，如果报告是良性的成熟囊性畸胎瘤，则手术结束；如果报告是未成熟的畸胎瘤，也就是恶性的肿瘤，还要将患侧的卵巢切掉，可能还要再做后续的手术或化疗等。
总的来讲，目前对卵巢畸胎瘤，多采用腹腔镜下肿瘤剥除来进行治疗。