39岁闭经首先要寻找闭经的原因，根据原因选择治疗方法，具体如下：
1、如果是宫腔粘连导致的闭经，没有生育要求一般不需要治疗。
2、如果是卵巢早衰导致的闭经，因为39岁比较年轻，要给予雌孕激素替代治疗，一般治疗到50岁左右，然后再次评估，看是否需要进行继续替代治疗。
3、如果是排卵障碍导致的闭经，还是分是否有生育要求，如果有生育要求，要促排卵治疗，促进排卵后月经会恢复正常。如果没有生育要求，可以给予雌孕激素做人工周期，或者是黄体酮来控制周期，具体就要分闭经的原因，还要防止出现其它内分泌疾病，例如甲状腺功能异常，或者高泌乳素血症导致的闭经。