肥厚型心肌病在磁共振上可观察到它的形态，可从磁共振上看到心室壁肥厚，尤室间隔最常出现肥厚，在舒张末期时厚度大于15mm，可测出肥厚的心肌厚度与左室壁的厚度之比，一般超过1.3。在磁共振上还可观察到心腔变得窄小，发现肥厚部的心肌在收缩期时会出现增厚率下降，左心室的舒张功能受到限制，收缩末期时流出道的内径一般小于18mm。在磁共振上还可以观察到二尖瓣的前叶在收缩期时出现向前运动的现象，这种情况提示左心室的流出道出现梗阻。肥厚型心肌病在磁共振上可发现心肌的血流灌注多无缺损现象，心肌的强化呈点状、片状的延迟。