沙眼衣原体主要是引起眼睛的结膜和角膜发生病变，一般沙眼衣原体感染以后分为几个阶段，首先是急性期，急性期的时候会有眼睛充血、红肿、异物感、流眼泪这些表现，这个阶段主要是用一些抗生素的眼药水滴眼睛，严重的时候可以配合全身性的治疗。
随着病变的控制、缓解，逐渐就进入了慢性期，然后会发展到瘢痕形成期，在慢性期和瘢痕形成期的时候，治疗的重点主要是要处理一些并发症和后遗症，沙眼的后遗症和并发症包括有内翻倒睫、慢性泪囊炎、角膜血管翳的形成，眼睛表面出现睑结膜和球结膜的粘连状况，这些需要治疗和处理，并且很可能需要做手术来解决问题。