如果患者确诊为肺结核合并真菌感染，可使用抗真菌的药物，例如氟康唑、两性霉素B等等。同时可完善痰培养的检查，根据药敏结果试验使用抗真菌的药物，同时要使用抗结核药物，例如异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、链霉素等等。
在使用上述药物的过程中，需要注意监测药物的副反应，并作出相应的处理。例如患者出现了肝功能损害，需要加用保肝的药物，或者是停用肝功能损害的药物，当患者出现周围神经病变时，可加用营养神经的药物，例如甲钴胺等等，如果患者出现了视神经、肾功能的损害，需要停用相关的药物，同时要注意休息，避免受凉，补充充足的营养。