肝内小囊肿一般不需要治疗，但需要定期复查随访，一般每半年到一年做一次肝胆彩超，用来观察肝内小囊肿的大小、增长速度，这非常必要，因为只有对它进行跟踪才能知道目前的现有状况。肝内小囊肿比较常见于先天性肝囊肿，是先天性肝内胆管或者淋巴管发育异常而形成的小囊性病变，这种囊肿属于良性病变，增长非常缓慢，一般每年可能增长0.1-0.2cm。
如果某些情况下肝囊肿增长速度过快，或者出现了其他的异常改变、异常症状，也需要积极给予处理，比如如果肝囊肿超过5cm，并且合并相应的压迫症状，或者虽然没有相关症状，但肝囊肿到达了10cm，这些情况需要进一步给予手术处理，手术主要是进行肝囊肿的开创引流，将囊肿的囊壁顶去除，将囊液引出，将囊腔暴露于腹腔，这种情况下就能有效去除囊肿，进行根治性处理。所以肝囊肿要定期复查随访，如果出现异常变化再考虑进一步的治疗。