卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，生理性囊肿大部分与月经周期有一定的关系。生理性囊肿在不用药治疗的情况下经历一段时间也有可能消失，所以在月经结束后进行检查确诊生理性囊肿。
生理性囊肿又分为卵泡囊肿和黄体囊肿，卵泡囊肿是由于成熟的卵泡没有破裂而形成的囊肿，黄体囊肿是卵泡排出以后黄体腔内的液体，或者血液积聚而形成的囊肿。
病理性囊肿常见的有畸胎瘤、囊腺瘤以及子宫内膜异位所形成的囊肿，也就是常说的卵巢巧克力囊肿。
后面三种囊肿都是良性肿瘤，对于较小的卵巢囊肿建议定期监测观察其生长情况，较大的卵巢囊肿需要手术切除。