新生儿脑炎主要继发于新生儿败血症，大部分是非常严重的细菌感染引起的。在新生儿期，孩子的免疫力非常低下，一旦机体感染细菌，细菌随着血流比较容易进入中枢神经系统，突破血脑屏障，新生儿脑炎的治愈率主要和治疗规不规范有很大关系。近年来由于抗生素的不合理使用，细菌耐药性增加，因此一部分新生儿脑炎的治愈率有所下降。如果能够正规的按照血培养以及脑脊液的培养结果，给予敏感的抗生素治疗，新生儿脑炎的治愈率都在90%以上，同时也应该给予生物免疫治疗。