沙眼患者早期无自觉症状，或仅有轻微的异物感，似有灰尘侵入眼内等眼部异物和不适感，表现为滤泡性慢性结膜炎，逐渐进展到结膜瘢痕形成。急性期症状包括畏光、流泪、异物感、较多黏液、黏液性脓性分泌物，可出现眼睑红肿、结膜明显充血、乳头增生，上下穹隆部结膜布满滤泡，可合并弥漫性角膜上皮炎及耳前淋巴结肿大。
慢性期无明显不适，仅眼痒、异物感、干燥、烧灼感，结膜充血减轻、结膜污秽、肥厚，同时有乳头及滤泡增生，病变以上穹窿及睑板上缘结膜显著，并可出现垂暮状的角膜血管翳。