乙肝表面抗原和乙肝E抗原阳性时，说明乙型肝炎病毒复制比较活跃，传染性也比较强，病毒载量也比较高。乙型肝炎表面抗原是乙型肝炎病毒的外壳蛋白，本身具有抗原性和传染性。乙型肝炎E抗原是乙型肝炎病毒核心颗粒当中的一种可溶性蛋白质，在一般情况下乙型肝炎E抗原埋藏于乙型肝炎核心抗原内部，但乙型肝炎核心抗原裂解时，乙型肝炎E抗原藏肝细胞核内溶于血清。乙型肝炎E抗原的出现迟于乙型肝炎表面抗原，而消失却早于乙型肝炎表面抗原。所以是人体感染乙型肝炎病毒后，跟随乙型肝炎表面抗原出现的第二个血清抗原标志物。
乙型肝炎E抗原在急性肝炎时可以呈一过性地增高，出现于谷丙转氨酶上升前的潜伏期，以后随着病情好转可以迅速下降，最后消失。乙型肝炎E抗原在慢性肝炎当中可以持续存在，乙型肝炎E抗原增高说明患者具有较强的传染性，它的出现往往是乙型肝炎的早期或者是活动期。乙型肝炎E抗原阳性的孕妇，有垂直传染性。