辅酶Q10比较常见的副作用主要是胃肠道的不良反应，比如腹泻、肚子胀气、恶心、呕吐等现象，也可能会出现皮肤瘙痒、皮疹等皮肤病。
如果患者同时患有糖尿病，在服药期间需要严格监测血糖的情况。辅酶Q10具有轻微的降糖作用，不过妊娠期和哺乳期的妇女不建议服用辅酶Q10，同时儿童也不建议服用，肝功能有损伤和肾功能严重损伤的患者需要谨慎使用该药。
建议患者不舒服的时候及时去医院就医，根据检查的结果并结合病情找出适合的服用方法，千万不可盲目用药。