芩翘口服液具有清热祛风、利咽润喉、散结凉血、消肿镇痛的功效，所以在临床上经常治疗急性咽炎、急性扁桃体炎，由风热感冒导致的咽喉肿痛、口渴、痰多、咳嗽等等效果也不错，但是其针对慢性咽炎的治疗效果一般，这个时候应该配合应用清咽利嗓的药物。
急性咽炎时单独应用芩翘口服液的治疗方案是以抗炎和抗病毒为主，但如果伴随细菌感染时，多数需要配合应用抗生素类药，比如阿莫西林、头孢拉定等等。