不同的乳腺炎，病因也是不一致的。对于哺乳期的乳腺炎，往往是由于乳汁淤积，加之细菌逆行感染，从而得的哺乳期乳腺炎。而对于非哺乳期乳腺炎，现在常见的主要包括浆细胞性乳腺炎和肉芽肿性乳腺炎两大类。
浆细胞性乳腺炎是由于乳头的先天的畸形，导致乳腺导管内的分泌物不能够正常的排出体外，在导管内堆积形成化学性的炎症，刺激了乳腺导管管壁，从而引起化学性、化脓性、炎症性的疾病。对于肉芽肿性乳腺炎，目前的发病的机制尚未明确，部分专家认为由于体内有残余的乳汁，而当患者的自身免疫发生异常的时候，这种乳汁被当作异物从而发生的炎症性疾病，也就是属于一种自身免疫性的疾病。因此不同的乳腺炎发病的机制是不一样的，从而治疗方案也是不同的。