肺血栓栓塞症的处理原则是早期诊断、早期干预，根据病人的危险度分层选择合适的治疗方案和治疗疗程，具体如下：
第一、一般处理与呼吸循环支持治疗，对高度疑诊或确诊肺血栓塞症的病人应进行严密监护，监测呼吸、心率、血压、心电图及血气的变化，卧床休息，保持大便通畅，避免用力，以免静脉血栓的脱落。
第二、抗凝治疗，抗凝治疗是肺血栓栓塞症和下肢深静脉血栓的基本治疗方法，可以有效地防止血栓再形成和复发，抗凝的药物有普通肝素、低分子肝素、磺达肝癸钠、华法林以及新型的直接口服的抗凝药物，如利伐沙班等。
第三、溶栓治疗，主要用于高危的急性肺血栓塞症的病人，对于部分中危的急性肺血栓栓症，若无禁忌症，可考虑溶栓，溶栓的时间窗一般定为14天以内。
第四、还可以有肺动脉导管碎解和抽吸血栓以及肺动脉血栓摘除术、放置腔静脉过滤器等治疗方法。
要根据患者的情况和适应症进行选择。