阿莫西林只对细菌性结膜炎有效，对病毒性结膜炎和免疫性结膜炎并无效。结膜炎是各种原因所导致的结膜炎症的总称，可以分为细菌性结膜炎、病毒性结膜炎、免疫性结膜炎等等，其发病原因有所不同。对于细菌性结膜炎，需要局部及全身使用抗生素来治疗，这时去除病因，进行抗感染治疗，对细菌性结膜炎的治疗尤为关键。
在等待试验结果出来之前，医生可以局部使用广谱抗生素，确定致病菌属后，给予眼部敏感抗生素药物。根据病情的轻重，可以选择结膜囊冲洗，可以局部用药、全身用药，或联合用药，所以阿莫西林只对细菌性结膜炎有效。