如果是低位肛瘘，术后24天左右伤口即可填满，如果是高位肛瘘、切口范围大，可能需要6周左右伤口才能填满。
切口的愈合时间还受很多因素的影响，包括内口是否准确，瘘管是否完整切除，外口处坏死组织是否清除干净，引流是否通畅，同时还包括机体的其他原因，如既往是否有糖尿病史，是否有贫血、低蛋白血症。
如果血糖增高或者血红蛋白低于100克/升、白蛋白低于30克/升时，切口愈合会明显减慢。
如果是结核性肛瘘，需要正规抗结核治疗，结核控制后1个月左右可以愈合，否则很难愈合。如果是克罗恩病合并的肛瘘，需要系统的内科治疗后才能愈合。