应根据引起胃肠炎的病因，进行针对性的治疗。首先是饮食，限制饮食对于胃肠炎急性期的患者是首要的，也是必要的。急性期应进食温暖、清淡、好消化的流食或半流食，要注意多饮温开水，必要时口服糖盐水。对于出现严重脱水，或水电解质紊乱者，应经静脉补充营养物质，纠正水电的失衡。如为感染所致，应在医生指导下，合理应用抗生素。对于非感染性腹泻严重者，可选择恰当的止泻药。腹痛严重者，除外青光眼、前列腺肥大、严重心律失常的基础上，可选用解痉止痛剂，如颠茄、山莨菪碱、阿托品等。对于慢性腹泻或急性腹泻者，可以通过调整肠道益生菌，如芽孢杆菌，双歧杆菌等。腹泻患者，也可以通过中医中药的方法治疗疾病。